No ano de 1948, Teresa pediu autorização para deixar as Irmãs do Loreto. Em 12 de abril do mesmo ano, O papa Pio XII lhe concedia a desejada autorização, sublinhando que, embora estivesse deixando a Congregação de Nossa Senhora do Loreto, ela continuava religiosa, sob a obediência do arcebispo de Calcutá. 

Abandonando o hábito da Congregação do Loreto, Irmã Teresa comprou um sari branco com detalhes em azul, e colocou-lhe no ombro uma pequena cruz. Foi com esta nova indumentária que passou a ser conhecida no mundo inteiro.

Fundou a Congregação das Missionárias da Caridade e dedicou-se, durante mais de 40 anos, aos pobres e aos doentes, especialmente na cidade indiana de Calcutá. Atualmente, a congregação conta com cerca de 4.500 religiosas, que trabalham em mais de 130 países, onde têm em torno de 700 casas dedicadas a ajudar os mais desfavorecidos. Por toda a solidariedade prestada, a ordem recebeu sanção canônica do Papa Pio XII, em 1950. Também em reconhecimento à sua obra, em 1963 o governo indiano concedeu-lhe a medalha Senhor do Lótus.

Papa Paulo VI visita a Índia e recebe pessoalmente Madre Teresa. Na ocasião, doou à Teresa a limusine que foi usada por ele durante a visita. O veículo então foi rifado e o dinheiro investido na colônia de Shanti Nagar, na cidade de Asansol. O local atendia as pessoas que sofriam de lepra.

O Papa Paulo VI concede um decreto de aprovação à congregação, que passa a se reportar diretamente ao Vaticano. Isso estimula Madre Teresa a iniciar um processo de expansão, que chegaria a mais de cem países.

Publicou o livro "Caminho de Simplicidade", no qual recolhe a doutrina religiosa que impulsionou sua vida de dedicação aos pobres.

Madre Teresa de Calcutá morreu no dia 05 de setembro de 1997, depois de sofrer uma parada cardíaca. Seu corpo foi transladado ao Estádio Netaji, onde o cardeal Angelo Sodano, Secretário de Estado do Vaticano, celebrou a missa de corpo presente. O mesmo veículo que em 1948 transportou o corpo de Mahatma Gandhi foi utilizado para realizar o cortejo fúnebre da "Mãe dos pobres". O funeral contou com a presença de chefes de Estado e governantes de todo o mundo.

O Vaticano reconheceu o primeiro milagre atribuído à intercessão da Madre Teresa: a cura de uma mulher de Bangladesh chamada Monika Besra, de 30 anos, que sofria de um tumor abdominal.

A mulher se curou depois que as irmãs da congregação a presentearam com uma medalha milagrosa da Virgem, que antes havia sido usada pela beata.