Em 24 de junho de 1888, Dom Lino D. R. de Carvalho, bispo de São Paulo, inaugurou a igreja conhecida como ‘Igreja de Monte Carmelo’ (Basílica Histórica).
A igreja, hoje denominada Basílica Histórica, também conhecida como Basílica Velha, foi reformada e ampliada em 1768. O primeiro vigário do Santuário foi o padre Joaquim Pereira Ramos.
Em 1893, a Basílica recebeu o título de Episcopal Santuário de Nossa Senhora da Conceição Aparecida, assinado por Dom Lino Deodato Rodrigues, bispo de São Paulo em 28 de novembro.
Em 5 de setembro de 1909, o Arcebispo Dom Duarte Leopoldo e Silva, celebrou a sagração solene do título de Basílica Menor à Basílica Histórica. A honraria foi concedida pelo Papa Pio X, em 29 de abril de 1908.
A Basílica Histórica foi oficialmente tombada pelo Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Artístico, Arqueológico e Turístico do Estado de São Paulo (Condephaat), em 18 de abril de 1982. Além do secretário de Cultura, estiveram presentes os membros da Família Real, o príncipe Dom Pedro Gastão de Orleans e Bragança e seu filho, Dom Francisco.
No ano de 2004, a Basílica Histórica de Aparecida passou por uma restauração e a sua reinauguração foi em fevereiro de 2015.
