O Museu Nossa Senhora Aparecida foi inaugurado em 8 de setembro de 1956, com benção do Cardeal Dom Carlos Carmelo de Vasconcelos Motta, primeiro Arcebispo de Aparecida. Toda a sua coleção foi reunida pela professora Conceição Borges Ribeiro a partir da coleta de objetos pela região, com destaque para as peças indígenas. O primeiro local de funcionamento foi o prédio das Oficinas Gráficas de Arte Sacra de Aparecida.

Mais tarde, o museu foi transferido para a Galeria do Hotel Recreio, onde permaneceu até a mudança definitiva para a Torre do Santuário, onde foi inaugurado em 12 de outubro de 1967, passando a ocupar o 2º andar.

O espaço conta com exposições permanentes e temporárias sobre diversas temáticas, tendo como plano de fundo a história da devoção a Padroeira do Brasil.

No Museu Nossa Senhora Aparecida o visitante poderá encontrar as exposições:

• Rainha do céu, Mãe dos homens: Aparecida do Brasil - 1º andar
• Domus Áurea (Casa de Ouro), onde estão as Rosas de Ouro ofertadas pelos Papas - 1º andar
• O Museu e suas Histórias - 2º andar
• Coleção Santa Gertrudes de Imagens Paulistas do Século XVII - 2º andar

No Circuito de Visitação à Cúpula o visitante poderá encontrar as exposições:

• Basílica Nacional: a Construção de um Sonho - corredor de entrada (Nave Norte)
  
• Corações aos Céus: Criação, Beleza e Redenção - corredor circundando a cúpula central
  
• 300 Anos de Bênçãos e de Graças - corredor de saída (Nave Norte)

No Hall da Torre Brasília e no Hall do Mirante do Cruzeiro o visitante poderá encontrar as exposições temporárias com diversas temáticas ao longo do ano, que buscam divulgar acervos e coleções que são preservados na Reserva Técnica do Museu.

• 1. Como faço para realizar a doação de um objeto ao Museu? Para realizar uma doação é bem simples, basta ir ao 1º andar da Torre onde um colaborador irá preencher um Termo de Oferecimento de Bem contendo todas as informações referentes ao objeto, e pronto.
• 2. Por que no Museu não se pode fotografar: Não se pode fotografar devido à exposição prolongada ao flash das máquinas e a segurança do acervo ali exposto.
• 3. Como faço para agendar uma visita com o meu grupo? Para agendar a visita basta preencher nosso formulário em ‘Agendar Visita’.  O agendamento deve ser feito com no mínimo 5 dias de antecedência.
• 4. O Museu disponibiliza monitores para acompanhamento? Em visitas agendadas podem ser solicitados monitores. Em visitas sem agendamento, o monitor pode ser solicitado para esclarecimento de dúvidas pontuais.
• 5. O ingresso da direito a visitar quantas vezes o museu? O ingresso dá direto a visitar uma única vez, os dois andares do Museu e o Mirante no último andar da Torre.
• 6. Tem acesso para pessoas com mobilidade reduzida?
  Sim, temos plataformas e elevadores para acessibilidade. pessoas com mobilidade reduzida?• Tem acesso para pessoas com mobilidade reduzida?• Tem acesso para pessoas com mobilidade reduzida?