Padre Rupnik nasceu na Eslovênia, no ano de 1954. Em 1973, ingressou na Companhia de Jesus (Jesuítas). Preparando-se para o ministério presbiteral, teve uma intensa vida acadêmica: Estudou filosofia em Liubliana, capital da Eslovênia, e, em 1977, matriculou-se na Academia de Belas Artes de Roma, onde concluiu os estudos no ano de 1981.

Prosseguiu seus estudos teológicos na Pontifícia Universidade Gregoriana de Roma, especializando-se em Missiologia. Foi ordenado sacerdote em 1985. Dos anos de 1987 a 1998, residiu no Centro Jesuíta "Stella Matutina", onde trabalhou principalmente entre jovens. Em 1991, doutorou-se em Missiologia na Pontifícia Universidade Gregoriana.

A partir de 1991 residiu e trabalhou no Centro Aletti, em Roma, do qual se tornou Diretor do Ateliê de Arte Espiritual desde 1995 até os dias atuais. Também leciona na Pontifícia Universidade Gregoriana e no Pontifício Ateneu Santo Anselmo, de Roma. Atuou como consultor do Pontifício Conselho para a Cultura e do Pontifício Conselho para a Promoção da Nova Evangelização.

No ano de 2017, foi nomeado, pelo Papa Francisco, consultor da Congregação para o Culto Divino e dos Sacramentos. Recebeu os títulos de Doutor Honoris Causa da Universidade Francisco de Vitoria, de Madri (Espanha), e da Faculdade de Teologia de Lugano (Suíça). Em 2002 recebeu o título de "Sinal de honra da liberdade da República Eslovena”. Dentre os diversos prêmios recebidos por Pe. Rupnik destacam-se o prêmio "France Prešeren", o maior prêmio para a cultura, da República da Eslovênia, e o prêmio internacional "Beato Angélico", pela Europa.

Suas atividades artísticas e teológicas nunca o impediram de dedicar-se à atividade pastoral através de palestras, cursos e exercícios espirituais (retiros). Também é autor de diversos livros sobre teologia e espiritualidade. Dentre suas diversas obras realizadas juntamente com o Ateliê de Arte Espiritual do Centro Aletti, destacam-se os mosaicos para a Capela Redemptoris Mater, no Vaticano; para os Santuários de Fátima, em Portugal; Lourdes, na França; São Pio de Pietrelcina, em São Giovanni Rotondo, na Itália; na Catedral de Santa Maria a Real de Almudena, em Madri; Santuário de São João Paulo II, em Cracóvia, Polônia, e em Washington, nos Estados Unidos da América; e do Santuário Nacional da Virgem da Ta’Pinu, em Malta.

Padre Rupnik, aprofundando-se na tradição espiritual e cultural do oriente cristão, com seu conhecimento e sua arte em mosaico, nos permite beber da herança da Igreja do primeiro milênio.